English
I think the question is very good because I think even native speakers of Japanese don't exactly know the difference of subtle nuance between these two particles が and で and how to use them properly in an actural situation.
Note: If there is a difference in nuance between Japanese and English in the following sentences (1) - (4), Japanese takes precedence.
（１）８８歳{さい}の草間{くさま}彌生{やよい}さんは水玉{みずたま}の絵{え}などが有名{ゆうめい}な芸術{げいじゅつ}家{か}で、世界{せかい}でも人気{にんき}があります。
Ms. Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist whose polka dot paintings and the like are famous, and is popular not only in Japan but also all over the world.
（２）８８歳の草間彌生さんは水玉の絵などで有名な芸術家で、世界でも人気があります。
Ms.Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist famous for polka dot paintings and the like, and is popular not only in Japan but also all over the world.
Both (1) and (2) are correct grammatically and also as Japanese.
But you should explain Ms. Kusama by the sentence with (2) instead of (1) because (1) is rude to her.
I said (1) is correct grammatically and also as Japanese, but you should write it correctly in the actual situation too, because she is a famous artist instead of unknown person.
Let me explain the reason by simpifying (1) and (2) into (3) and (4).
（３）草間｛くさま｝彌生｛やよい｝さんは水玉｛みずたま｝の絵｛え｝が有名｛ゆうめい｝な芸術｛げいじゅつ｝家｛か｝です。
Ms. Yayoi Kusama is an artist whose polka dot paintings are famous.
（４）草間彌生さんは水玉の絵で有名な芸術家です。
Ms. Yayoi Kusama is an artist famous for polka dot paintings.
In Japanese there is a big difference between (3) and (4), though I don't know whether it is well described in my poor attempt of my English translations.
In (3), the famous one is "paintings of polka dots", while in (4), the famous one is "Ms. Kusama" herself.
Ms. Kusama is a famous painter and/or artist in reality.
The sentence with (4) briefly shows that she is a famous artist, while (3) doesn't describe whether she is famous or not.
As for (3), it is well written in the following explanation in the naroto's answer.
EDIT: Strictly speaking, 水玉の絵が有名な芸術家 is an artist whose art is famous; the artist himself doesn't necessarily have to be famous. For example, you can say 「彼は花の絵が有名な画家だが、彼自身の名前はあまり知られていない」.
English translation is my attempt.
彼｛かれ｝は花｛はな｝の絵｛え｝が有名｛ゆうめい｝な画家｛がか｝だが、彼｛かれ｝自身｛じしん｝の名前｛なまえ｝はあまり知｛し｝られていない。
He is a painter whose paintings of flowers are famous, but his own name is not well known.
How do you think Ms. Kazama feels if she is introduced by the words with the nuance like what is used for the not well-known painter?
If you don't understand the nuance of the particles of が and で in those above examples, I think that most Japanese people can be satisfied with the following explantion using examples (5) and (6).
（５）タイガーウッズは数々｛かずかず｝の記録｛きろく｝が有名｛ゆうめい｝なゴルファーです。
Tiger Woods is a golfer whose record-breaking performance is famous.
（６）タイガーウッズは数々の記録で有名なゴルファーです。
Tiger Woods is a golfer famous for his record-breaking performance.
When most Japanese people read (5), they will feel somewhat strange for a moment. And they are not satisfied with it as an introduction of Tiger Woods. Tiger Woods has a lot of elements other than the "record-breaking performance" that made him famous.
However, there is no room to introduce other elements in (5), which focuses only on the theme that "his record-breaking performance is famous". Speaking of golfers with "excellent performance", you can mention players like A, B and C, but the topic will branches off from Tiger Woods himself.
On the other hand, if you read (6), everyone will be satisfied.
This sentence focuses on the theme that Tiger is famous. If you want to spice up the story, you can add various topics based on Tiger Woods.
Finally, (2) is a sentence that both "Ms. Kusama" and "her works" can be correctly introduced to be famous, while if you use (1) to introduce her, it becomes rude to her.
日本語
（１）８８歳の草間彌生さんは水玉の絵などが有名な芸術家で、世界でも人気があります。
Ms. Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist whose polka dot paintings and the like are famous, and is popular not only in Japan but also all over the world.
一般に、この「が」は間違いなく添削されて（２）のようになります。
（２）８８歳の草間彌生さんは水玉の絵などで有名な芸術家で、世界でも人気があります。
Ms. Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist famous for polka dot paintings and the like, and is popular not only in Japan but also all over the world.
仮に、誰もが知っている「水玉の絵」が世界でも人気があるが、画家である８８歳の草間彌生さんは有名でないということを想定した文を書く必要がある場合でも、「てにをは」で微妙なニュアンスを伝えられるかもしれないというようなあやふやな選択をせず、次のようにきちんと書くのが普通で間違いも少ないと思います。
（３）この水玉の絵は有名で、世界でも人気がありますが、その画家の草間彌生さんは余り知られておりません。因みに８８歳でなお現役です。
「水玉の絵など」の「など」は指すものが不明確ですので「有名」の対象になりませんので、（３）では書き表しません。また、草間彌生さんが有名でないので、この文章とともに参考になる水玉の絵を写真で掲載する必要があります。従って、写真なしの（３）も現実には存在しない文章です。
結論として、（１）ではなく（２）を使うと覚えてください。
EDIT
（１）８８歳の草間彌生さんは水玉の絵などが有名な芸術家で、世界でも人気があります。
Ms. Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist whose polka dot paintings and the like are famous, and is popular not only in Japan but also all over the world.
（２）８８歳の草間彌生さんは水玉の絵などで有名な芸術家で、世界でも人気があります。
Ms. Yayoi Kusama of 88 years old is a Japanese artist famous for polka dot paintings and the like, and is popular not only in Japan but also all over the world.
（１）と（２）はともに文法的にも、日本語としても正しいです。
それでは、私が最初の回答で（１）ではなく（２）とするべきだとした理由を含めて説明します。
桜で有名な〇〇公園の最寄りの駅で尋ねられました。
（３）「桜で有名なところはどこですか？」
（４）「桜が有名なところはどこですか？」
（３）の答えは「〇〇公園です。」
（４）の答えは「（４-１）そこの角を曲がって坂を登ったところです/ところにあります。」あるいは、「（４-２）〇〇公園ですね。そこの角を曲がって坂を登ったところにあります。」
（３）は明らかに公園の名前を尋ねています。
（４）の場合、公園の名前よりも、その公園の所在を訪ねている雰囲気があります。質問者の意図が正確にわからない場合は（４-２）が親切な回答ですが、取りあえずは（４-１）でも良いでしょう。駅前で（４）として具体的に尋ねられているときに、「〇〇公園です。」だけでは間違いである可能性が高いと思います。きっと「いやいや公園の名前ではありません。どういったら良いか分からないのです。」あるいは「〇〇公園って言うのですね。ありがとうございます。それはこの坂の上ですか？」のような会話が続くでしょう。
（３）は公園が有名なのです。
（４）は桜が有名なのです。
（３）の場合は「桜」で有名ですが、「西郷さんの銅像」でも有名な場合ですと、（３）は、「桜でも有名なところはどこですか？」となり、「公園」を中心にいろいろな修飾語が考えられます。
（４）の場合は、「桜」が有名な中心ですので、「桜が有名なのは〇〇公園以外に△△公園もあります。」という具合に、文章の展開方向が（３）とは異なる可能性が大いにあります。
（３）と（４）の本質的な違いの内、（３）については、nartoさんが答えの中で次のように上手に説明しています。
EDIT: Strictly speaking, 水玉の絵が有名な芸術家 is an artist whose art is famous; the artist himself doesn't necessarily have to be famous. For example, you can say 「彼は花の絵が有名な画家だが、彼自身の名前はあまり知られていない」.
ところで、最初の「草間彌生さんの水玉の絵」に戻りましょう。分かりやすくするために、有名人を登場させます。
（５）タイガーウッズは数々の記録が有名なゴルファーです。
（６）タイガーウッズは数々の記録で有名なゴルファーです。
（５）の文を読んだとき、多くの人が多分「？」、「何か変だな」と一瞬感じるのではないかと思います。そして、これではタイガーウッズを紹介する文としてはまずいなと感じるはずです。何故でしょうか。
（５）の表現では、タイガーよりも、「数々の記録が有名」という文言が表にでてきます。本当は、タイガーを世界的に有名にした理由は、「数々の記録」もさることながら、それ以外に沢山あるからです。しかし、（５）の表現では、「数々の記録が有名」と言い切っていますので、タイガーに関してそれ以外の事実や出来事などを追加する余地がないからです。何か追加したくてもう一度（５）を見ますと、「数々の記録で有名なゴルファー」というところに考えが行きます。タイガーに限らず世界的に有名なプレーヤーを考えると、何人かの名前を挙げることはできますし、日本でも松山英樹や石川遼の名前が浮かびます。しかし、それでは、タイガーを有名だと讃｛たた｝えたい話題からは逸｛そ｝れていってしまいます。
一方、（６）の文を見ると、タイガーを紹介する文としては問題ないと皆は感じるはずです。
それは、この文が「タイガーウッズそのものが有名である」と焦点を定めて、有名になった事例を紹介しているからです。この方法なら、いくらでも彼を讃える話題を追加できます。
「が」と「で」の違いだけで、（６）ではタイガーが主役、（５）ではタイガーでなく「数々の記録」が主役になってしまい、これほどまでニュアンスの違いを生じるのです。
さて、草間彌生さんの水玉の絵の記述に本当に戻ります。「が」を使った（１）は基本的に「水玉の絵」が有名だと述べております。確かに草間彌生さんの絵は大変有名です。お名前はタイガーウッズほと有名ではないのかも知れませんが、（２）ではなく（１）の文章を使った（公表する）原稿の場合、「草間さんのことはあまり知られていないが絵は有名である」との印象が残るので、編集上は推敲が入り「が」を「で」に修正するのが穏当です。（１）では、草間さんに失礼になる可能性があるからです。
本当に有名でない人や場所である場合、そして人や場所に興味がない場合は「〇〇が有名」で全く問題ありませんが、それ以外の場合は「〇〇で有名」の表現が穏当です。
narutoさんが挙げた以下の例はいずれもゴシック体の部分が有名なので、「フリーキックが有名なロベルト・カルロス」を除いて「が」で問題ありません。（５）に近いニュアンスを持つ「カルロス」の文では編集で修正が入りそうです。
「糸桜が有名な近衛家の屋敷は…」
「アンズが有名なところってどこですか？」
「常夏プールが有名なサマーランド」
「紅葉が有名なお寺で…」
「フリーキックが有名なロベルト・カルロス」
「ヨセミテの絵が有名な画家の名前が思い出せません」
